А.А. Масчаном разработаны успешные методы лечения приобретенных апластических анемий и острых миелоидных лейкозов, а также ряд новых протоколов аллогенной трансплантации гемопоэтических клеток при анемии Фанкони, остром миелоидном лейкозе и приобретенной апластической анемии.
Под руководством Алексея Александровича защищено 5 докторских и 15 кандидатских диссертаций, он является автором 2 монографий и более 60 оригинальных статей, в том числе 12 публикаций в международных рецензируемых журналах, а также глав в национальном руководстве по педиатрии, что квалифицируется научным сообществом как руководство научной школой.
А.А. Масчан является ведущим исследователем группы 694 Европейского регистра по трансплантации костного мозга, участником международных кооперативных исследований по лечению острого миелоидного лейкоза и рабочей группы по апластическим анемиям в рамках Европейского регистра по трасплантации костного мозга.
Отличительными качествами Алексея Александровича являются инновационный подход и рациональное использование научных достижений в практике.
А.А. Масчан в 1996 г. награжден медалью ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени.